السبب الدقيق لداء كرون غير معروف. ولكن تشير البحوث إلى أن هناك مجموعة من العوامل قد تكون مسؤولة عنه. تشمل:
• الوراثة – قد تزيد الجينات التي ترثها من والديك خطر الإصابة بداء كرون
• الجهاز المناعي – قد يُسَبب الإلتهاب بسبب وجود مشكلة في الجهاز المناعى (دفاع الجسم ضد الخمج والمرض) الذي يتسبب في مهاجمة البكتيريا النافعة في الأمعاء
• الإصابة السابقة – قد تؤدي الإصابة السابقة إلى تحريض استجابة غير طبيعية من الجهاز المناعي
• التدخين – يعاني مرضى داء كرون من المدخنين عادة من أعراض أكثر حدة من غير المدخنين
• الوراثة – قد تزيد الجينات التي ترثها من والديك خطر الإصابة بداء كرون
• الجهاز المناعي – قد يُسَبب الإلتهاب بسبب وجود مشكلة في الجهاز المناعى (دفاع الجسم ضد الخمج والمرض) الذي يتسبب في مهاجمة البكتيريا النافعة في الأمعاء
• الإصابة السابقة – قد تؤدي الإصابة السابقة إلى تحريض استجابة غير طبيعية من الجهاز المناعي
• التدخين – يعاني مرضى داء كرون من المدخنين عادة من أعراض أكثر حدة من غير المدخنين